A Controladoria-Geral do Município de Itajaí foi criada pela Lei Complementar nº 56, de 12 de maio de 2005. É o órgão central do Sistema Administrativo de Controle Interno e de Ouvidoria do Poder Executivo. Subordinada diretamente ao Prefeito Municipal, tem a função de assessorá-lo na defesa do patrimônio público.